Meer nog dan zijn films maakten zijn gedachten indruk, over de invloed van beelden. Hij doceerde onder meer in Berkeley (1993-98), in Berlijn en aan de Akademie der bildenden Künste in Wenen. Bekendste werken op film en video: Nicht löschbares Feuer (1969), Die Teilung aller Tage (1970), Zwischen zwei Kriegen (1978), Jean-Marie Straub und Danièle Huillet bei der Arbeit an einem Film nach Franz Kafkas Romanfragment “Amerika” (1983), Bilderkriege (1987), Bilder der Welt und Inschrift des Krieges (1989), Leben – BRD (1990), Erkennen und Verfolgen (2003), Memories (segment Respite, 2007), Zum Vergleich (2009) en Sauerbruch Hutton Architekten (2013). Ook auteur van tentoonstellingen, zoals Kino wie noch nie (samen met zijn vrouw Antje Ehmann; Wenen, 2006) en installaties, bijvoorbeeld Deep Play (Documenta Kassel, 2007).
Schreef samen met de regisseur scenario’s voor speelfilms als Die innere Sicherheit (Christian Petzold, 2000), Gespenster (Petzold, 2005), Barbara (Petzold, 2012) en Phoenix (Petzold, 2014). Acteur in Klassenverhältnisse (Huillet en Straub, 1984). De korte film What Farocki Taught (jill Godmilow, 1998) is aan hem opgedragen en bevat een Engelstalige shot voor shot remake van Nicht erlöschbares Feuer (over gebruik van napalm in de Vietamoorlog).